在家族和戰爭壓力所迫下,一九四二年秋,李登輝進入京都帝國大學的農業經濟系就讀。李在台北高校時代的恩師鹽田薰所講授的「中國史」,對這個選擇有相當影響。鹽田課程十分具有特色,第一堂課即將春秋戰國至鴉片戰爭的通史講畢,之後一整年的時間,完全都在講述中國近代史。李登輝在這堂課上「初次認識了近代中國的苦難」,並留下「深刻的體驗」,因而對中國產生興趣,認為「解決中國問題最大關鍵在於農業,並因此考慮過到滿州去學農業經濟」。李登輝幼年曾經看過佃農來和三芝小地主的父親懇求延長契約的痛苦模樣(深田,前引書),對農民境遇有所同情,加上對「近代中國苦難」的認識,這兩者或許就促成他選讀農業經濟的原因。 然而,在當時,這樣的希望是過於天真的。他在京大只讀了一年兩個月。這期間,他住在吉田神社附近的學生宿舍,一邊為日益短缺的食物問題發愁,一邊學習「農業簿記」,或研讀河上肇或馬克斯等社會主義相關書籍,日後他經常提及的京都學派哲學家西田幾太郎,也是他這個時期研讀的重點之一。 隨著戰局吃緊,文科學生也被納入學徒出陣(譯注:一九四三年九月,在學中文科學生的緩徵停止,入伍參戰)的行列。來自台灣的學生定在四四年一月入隊,關東的學生被編派到水戶及會津若松的部隊,關西以西的三十六名則被編入台灣部隊。附帶一提的是,當時這些學生被問到想被編入日本軍隊或是台灣軍隊時,皆答因台灣出身所以要防守台灣。
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