然而，三○年代初，台灣共產黨開始受到彈壓，之後，彈壓日益強化，各種抗爭或努力都告挫折，且隨軍人總督再度來任，「皇民化」時代到來。出生於一九二三年的李登輝，比起曾在「疾風怒濤」的一九二○年代擔任要角的人（多半出生於一八九五年前後至一九一○年前後），大約晚了一個世代，似乎未能感受「疾風怒濤」的餘波，不過，戰爭的狂潮倒是實實在在地波及了李登輝及其家族。

　　李登輝所讀的淡水中學雖為教會學校，但在當時日益深刻化的戰局下，校內不能免地強化軍事訓練，學生也必須參加淡水市街的提燈遊行（譯注：二次大戰下的台灣，每當傳來日軍在新加坡或是香港戰勝的消息，總督府及各官廳學校，就舉行提燈遊行慶祝勝戰）。

　　一九四○年，李登輝進入台北高校。當時舊制的高校學生，被視為理所當然將進入帝國大學，成為明日菁英的準人才，所以得以不問世事，享受教養生活與自由校風。李登輝自身回憶「舊制高校時代的生活實在是非常愉快」。唯一的不快可能是軍事教練時，肩膀因為投擲手榴彈而受傷，以至於日後放棄了喜歡的棒球（深田，同前）。

　　這個時期，小林躋造的「皇民化」，正透過廢止報紙漢文欄、「國語」常用運動、廢止漢族寺廟、強行參拜神社、廢止農曆年儀式等措施，一勢開展，直接改造民族文化。四○年二月，「改姓名」運動開始推行，「准許」台灣人冠日本名字。翌年，日本成立第二次近衛內閣，成立大政翼贊會，在台灣，也以總督為最高總裁，成立皇民奉公會。

　　小林總督任內，開始進行台灣人的戰爭動員，最初只是徵用軍伕，太平洋戰爭爆發後，實施志願兵制度（陸軍從四二年開始，海軍從四三年開始），開始兵士動員。如當時軍部大肆宣傳的「高砂義勇隊」，即是以陸軍特別志願兵名義，徵集一千八百餘名先住民而編成的。志願兵制度雖屬志願性質，近年研究指出其中也有「被強迫志願」的例子（近藤正己《總力戰シ台灣》）。一九四五年敗戰前，眾議院議員選舉在台灣實施，給予台灣人有限的國政參與權，同時，台灣開始施行徵兵制，以為交換條件。

　　在三芝李家，長男登欽被陸軍以志願兵名義徵召。登欽當時已婚且育有二子，次男登輝還在高等學校唸書。對曾任警官的李金龍一家來說，這或是個不得已的選擇。登欽被送到菲律賓前線不久失去消息，視為「失蹤」，直到戰後一段時間，日本政府才送來「戰死」通知。母親江錦因此心力交瘁，撐到戰後四六年，眼見李登輝平安歸國，即告辭世。