南方六省若宣布獨立，則首腦階層出亡西安的大清國必將恐懼震驚，而反體制派的全國響應也必將可期。就此一意義而言，惠州是個點燃火種的重要地方。
為煽起惠州之火，孫文原打算坐鎮可與全國進行聯繫的上海指揮全局。但當他在八月二十二日從橫濱搭船赴上海時，正值漢口的自立軍起義失敗，唐才常等人即日遭處決。八月二十八日，船抵上海，戒嚴令已公布，在此地任何事也做不了。孫文無奈只得又搭九月一日的船折回日本。
取代上海改以台灣為革命基地的建議，是由宮崎滔天和山田良政等日本同志所提。尤其是在日清戰爭中曾從軍擔任通譯的山田，更是上達台灣總督兒玉源太郎的一條人脈。
兒玉對於對岸採積極性手段，在義和團事件中曾經要派兵赴廈門。另外在廈門的東本願寺布教所失火事件中，他也基於情勢不穩的理由而調派軍艦「和泉」號上的陸戰隊登陸。
只要孫文請求支援，兒玉當可立即呼應之。
孫文所搭的台南丸於九月二十八日抵基隆。此時孫文化名為「吳仲」。
在與大清國有外交關係的日本領土之內，台灣總督無法公然迎接叛亂分子孫文。兒玉假借視察基隆軍營之名，率副官小澤與旅團長土屋少將同行，實則是盡地主之誼前去迎接。
事實上，就在兩天前的九月二十六日，山縣有朋首相提出了內閣總辭。
孫文在台北新起町（後改名為長沙街）設立革命司令部，私下與日本方面及惠州三洲田的鄭士良進行聯絡。
「哈、哈、哈。此次是用了吳仲這化名前來哪！」
在新起町現身的人正是林炳文。
「哇，我還是以林炳文這姓名來稱呼你嗎？」
孫文握手說道。
「我還在觀察天下情勢。一直沒動作，倒是你似乎搶了先。我也想要幫你一些小忙啊！」
林炳文說道。
林炳文說過要在台灣建立一個名為大同民主國的國家。孫文原以為他會有所行動，但瞧這樣子，似乎還僅止於觀察情勢而未有任何動作。
「姑且不論天下情勢，台灣的情勢究竟如何？從清朝手中割讓給日本的台灣應該有重大變化吧？」
孫文問道。
「嗯，之前的主子是滿洲人，如今變成日本人。變化好像也不大，只有一點不同。」
「是什麼呢？」
「之前很少見到滿洲人，最近倒常見到日本人。總督就像是清朝的巡撫吧。清朝的台灣巡撫有過劉銘傳與邵友濂，二人皆是漢人而非滿洲人。日本的台灣總督有樺山、桂、乃木、兒玉，全都是日本人。從民政長官到州知事、郡守，也清一色全都是日本人。漢人認為沒當官就不像個人樣，因此覺得受不了囉！」
林炳文一口氣說完之後笑了。
他原想當清朝的官吏，才參加了科舉考試。一想到這點，他不由得笑了出來。
「聽說自從後藤新平當了民政長官之後，情況改善了不少。」
一聽孫文這麼說，林炳文用手在鼻子前搖了搖，不屑地說道：
「一心想當官的人究竟執著強到何等程度，若不成為其中之一則永遠也無法理解。」
根據兒玉總督在帝國議會回答質詢的紀錄，因「匪徒刑罰令」（一八九八）遭處分者五千三百三十餘人，其中被判死刑者有三千四百八十餘人。而在此一法令公布之前，被當成「土匪」殺死者據說高達一萬數千人之眾。
日本方面的損失，則記錄著光是因風土病等而病死者就有四千六百四十人。
在帝國議會中，有人就提出，既然如此花大錢，那何不就以一億元的代價將台灣轉賣給英國？
孫文將台北新起町的住處當做「革命總司令部指揮所」，意圖指揮惠州起義。根據孫文的自傳，惠州當地全交由鄭士良指揮，來自香港的支援則委託楊衢雲、李紀堂、陳少白等人，自己則預定由台灣內渡（渡海至大陸）。
因政變之故，台灣總督的承諾竟成了空話，這是任誰也料想不到之事。在孫文抵基隆的九月二十八日那天，東京的山縣內閣已經總辭。縱然如此，也還沒人想到對清政策會發生重大變化。
林炳文大致上對孫文報告了台灣的近況。
接下來請求見孫文的人，則是幾乎已經停止一切活動的興中會台灣支部的會員吳文秀。
參加重陽起義的楊鶴齡之族人楊心如藏身於經營良德茶行的茶葉貿易商家中。
該茶行的老闆吳文秀也入了會，成為興中會唯一的有力人士。他的家族在數代前從福建泉州遷來，並在大稻埕一地從事茶葉輸出歐洲的生意，從中獲得了巨利。
孫文對語言的感覺很敏銳，光憑耳朵聽也能猜出十之八九的意思，唯獨對閩南語束手無策。台灣人當中有八成說閩南語，因此在台灣生活對孫文相當不方便。吳文秀出身福建泉州，當然是常說閩南語。
但身為茶行少東的吳卻很會說英語。孫文能用英語和他溝通意思。
林炳文其實也向吳文秀學過英語。和孫文說話時，吳文秀便用英語。吳文秀的話題相當豐富，孫文便經常出入在現今貴陽街上的吳文秀家。
「此人因獲日本的紳士勳章而高興。」
有一次，林炳文以半開玩笑的口吻揶揄吳文秀。
「哈、哈、哈。這可有用哪！只要將它掛在廳堂，就算吸食鴉片也會獲准。」
吳文秀說道。
「這便是所謂的懷柔。」
林炳文露出一絲冷笑意味的表情說道。
「接受懷柔者的子孫可以活下去。聽說古時法國以身高來當做徵兵標準。該國現在的人民大多是矮個子，據說是因為高個子全都參戰而犧牲了。」
說完這話以後，吳文秀伸出三根手指頭又加了一句：
「今日的英語對話，你的錯誤之處就只有這一點。」
「不如談談巴黎地下鐵的話題吧！之前我去的時候還沒有這玩意呢！」
孫文改變了話題。
吳文秀這年剛參觀過在巴黎所舉行的萬國博覽會歸來。巴黎為了紀念萬國博覽會而興建了地下鐵，蔚為話題。孫文為了緩和懷柔一說所產生的彆扭氣氛而將話題引導至地下鐵。
就在此時，一名軍官敬禮入內。
「請問是吳仲先生嗎？總督閣下命我帶信給你。」
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