為了揚棄二版的「矛盾與錯誤」，金庸大師無可推諉的，必須將太過詭異的情節捨棄重寫，或對一些玄奇的情節補充說明。因此，新修版中，「九陰真經」原始本、首抄本、二抄本的來龍去脈，將呈現截然不同的風貌；「蛤蟆功」的潛在威力也有了合理的解釋。特別是新修版中每個章回末或多或少都增加了一些注釋（主要是大師對一些評論觀點的反駁）。例如著名的佟碩之所譏「宋代才女唱元曲」、「守宮砂是否真有其事」、「蒙古軍隊如何有漢人大將」……等評論，金庸都能以客觀的、據史的、甚或幽默方式回應。這些洞見、論述是小說寫成之初不可能涵括在內的，我們在新修版中將可一見真章。