16歲的荷蘭少女瑪利婭從小生長在台夫特，是新教牧師亨布魯克的二女兒。亨布魯克牧師聽了曾在福爾摩沙服務14年的牧師學長描述，對於前往「美麗之島」傳教充滿嚮往。1647年，瑪利婭懷著對初戀情人楊恩的思念，與一家人帶著夢想，搭船前往福爾摩沙。
在那裡迎接他們的，包括平埔族西拉雅女子烏瑪。烏瑪是部落第一美女，剛與長老之子直加弄成為「牽手」。夫婦倆是最早一批接受荷蘭教育、受洗為基督徒的平埔族人，期待部落生活有新的改變。烏瑪很快便與瑪利婭姊妹們成為好友，學習彼此的生活、文化和語言。
而在海峽對岸，漳州人陳澤加入鄭芝龍的商船大隊，穿梭於東亞各國港口。但好景不常，大明崇禎皇帝自盡，滿人攻打入關，鄭芝龍決定降清，然而他的兒子「國姓爺」鄭成功與父兄決裂，高舉「反清復明」大旗。陳澤心懷忠義，決心投靠鄭成功，成為鄭營大將。
在當時荷蘭人與漢人口中，鄭成功有著雙重面貌。他是有著伊底帕斯弒父戀母情結的悲劇英雄，一方面性格堅毅、聰穎過人，卻也多疑、易怒、殘暴。1661年，鄭成功率領大軍攻台，與荷蘭人歷經海陸大戰、圍城對峙，歷時將近一年，終於令荷蘭守軍投降，退出福爾摩沙。
面對戰爭的無情殺戮、親人摯友的永別，瑪利婭、烏瑪與陳澤一同捲入這場歷史動盪，三人的生命交織成一段驚心動魄的大時代故事。
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陳耀昌
永福國小，台南一中初、高中，台大醫科畢。擔任台大醫院血液及腫瘤醫師三十年，治療疑難雜症數千人。為台灣骨髓移植先驅，奠立骨髓庫基礎，也是幹細胞研究開拓者。創立台大法醫學研究所，催生「法醫師法」。跨足政界，任國大代表，也參與社運，關懷人權。榮獲台南一中傑出校友，目前仍擔任陳德聚堂管理委員。亦在《財訊》雜誌寫專欄，出版過《生技魅影：我的細胞人生》（財訊出版）及《冷血刺客之台灣秘帖》（前衛出版）等書。
作者的話
當人生的喧嘩歸於平靜，我伴著晨星曉月寫出來的這本《福爾摩沙三族記》，或許才是我對母親台灣的最大回報。因為骨髓移植、法醫制度、反貪與人權，沒有我，其他人也都可以做。唯有這本書，如果沒有我的成長背景──出身府城老街、與陳德聚堂的淵源，也夠LKK，還來得及浸潤於台南的古蹟氛圍與寺廟文化；受家父陳永芳醫師深刻影響，使廟宇成為我腦海中台南地圖的座標，連我唸的永福國小都是古蹟所在（前身為台灣府時代清朝治台最高行政機關「台廈道巡道署」）；又正好身為醫師，懂得一些DNA及疾病鑑別診斷知識──其他人不見得寫得出來。
所以我在部落格上說：寫完這本書，我想我可以無愧鄉梓，無愧祖先，也無愧此生了。但我卻對我的六個小孩有愧。在此，我要向雅瀅、雅珣、雅琦、雅婷、智銘和雅虹致歉。雖然家庭革命無罪，但青春莽動有悔。多年來，因爸爸興趣過雜，兼又身體力行，因此給你們的時間太少。爸爸永遠以你們為傲。而這本書，出發點也正是寫給你們年輕人看的。就算是我獻給你們和這一代台灣兒女的一點心意吧。
陳耀昌醫師觀點詮釋歷史的《福爾摩沙三族記》，宛如投響三百多年來的空谷足音，透過不同的角色詮釋歷史的發生、過程，以及交會在那個時代錯綜複雜的恩怨情仇，最後進入餘音繚繞的尾聲…… ── Uma 萬淑娟（臺南縣平埔族西拉雅文化協會理事長）
陳耀昌醫師的新書為大航海時代的台灣史添上一個嶄新的、多元的、耐人尋味的角度。 ── 平路（作家）
陳教授很用力閱讀有關史料，運用醫學專業的觀點批判史料，然後心地寬厚地寫出一幕幕深具人情味、有血有肉、有淚眼有笑容的人間交往。《福爾摩沙三族記》寫活了歷史，也發人深省，深值一讀三思。 ── 江樹生（《熱蘭遮城日誌》譯註者）
這是一本充滿驚奇的書，是歷史、是故事、也是一本小說。書中細緻描繪十七世紀的世界大航海時代，位在東西航道要衝的台灣（福爾摩沙）躍上世界舞台，在殖民貿易和戰爭的動盪大時代中發生的小故事。 ── 呂理政（國立臺灣歷史博物館館長）
《福爾摩沙三族記》這本歷史小說可以彌補長久以來的遺憾，從精采的故事中，我們能重新看到台灣何其難得在時代變遷中，變成許多不同民族最後落腳的共同家鄉。 ── 李偉文（作家．環保志工）
陳耀昌醫師的新作《福爾摩沙三族記》，是大航海時代荷據台灣時期，來台的荷蘭人、台灣原住民（西拉雅族）和中國來台漢人的「三族」的故事，種族衝突、權利爭奪、情愛糾葛，多源匯聚；面對十七世紀的台灣之巨變，既有宏觀巨視，又有對於小說人物細微的互動與心理變化的諸多敘寫。 ── 李瑞騰（國立臺灣文學館館長、中央大學中文系教授）
《福爾摩沙三族記》豐富了我們對台灣歷史與文化的了解，也為深化台灣的認同指出新的道路。 ── 林克明（加州大學（UCLA）榮譽退休教授）
看到《福爾摩沙三族記》這本書，我們終能了解，或許歷史總是背對著我們，但當我們轉過身，與歷史看往同一個方向、看到同一段過往，於是我們知道，所謂的刻記，是歷史代替遠古至今的祖先們遺留給我們的禮物，叫做「反省」。 ──林慶台（牧師）
陳耀昌醫師有一個遠遠超越一般漢人史觀的胸襟和手筆，還原了十七世紀大航海時代台灣多元族群互動、交融、對立、友愛和生離死別的種種人生相，呈現真實感人的場景。 ──孫大川（行政院原住民族委員會主委）
《福爾摩沙三族記》是一部多元史觀的小說，但又可以當做歷史作品來閱讀。在二十一世紀後現代的今天，作者引導我們看見前近代的情感與記憶，使讀者終於覺悟，台灣歷史是如此豐饒，如此矛盾，又如此燦爛。 ──陳芳明（政大臺文所所長╱教授）
《福爾摩沙三族記》不是他個人家族史，卻是所有台灣人的共同家族史。我們的身世遠比我們所知道的更複雜，比我們所想像的更精彩。陳耀昌這部他自稱「小說化的歷史而非歷史化的小說」的歷史小說，像《維梅爾的帽子》，利用畫布的一角，還原整個時代的全貌。 ──胡晴舫（作家）
我在《福爾摩沙三族記》作者陳耀昌身上，看到老派醫師人文主義的風格。專業之外，他從自己容貌、家族與台南故鄉的疑問問起，最後構思成族群恩怨情仇的長河小說。這是很標準的人文主義者作風，不斷面對、思索自己時代，進而豪語「為台灣留下歷史，為歷史記下台灣」。 ──翁佳音（中研院臺史所副研究員）
免費活動•歡迎參加
遙遠卻真實•強悍而美麗－《福爾摩沙三族記》新書發表暨座談會
時 間： 2012年2月4日（六）下午2：00－2：45地 點： 台北國際書展一館「黃沙龍」主持人： 蔡詩萍先生 作家、節目主持人、《聯合晚報》總主筆 主講人： 陳耀昌醫師 臺大醫院血液科醫師、醫學院檢驗醫學科教授，《福爾摩沙三族記》作者 與談人： 陳芳明教授 政治大學臺灣文學研究所所長/教授
活動內容 演 講：我為什麼寫《福爾摩沙三族記》
議題方向
遙遠卻真實的台灣開拓史詩
是歷史的必然還是偶然？
西拉雅、荷蘭人與漢人，三族共同寫下的時代故事
主辦單位：
400年前，我們在此相遇－從陳耀昌《福爾摩沙三族記》談起
時 間： 2012年2月11日（六）下午2：30－4：00地 點： 國立臺灣歷史博物館展示教育大樓1F博物館商店Forum空間 臺南市長和路一段365號 06-3568889 主持人： 呂理政館長 國立臺灣歷史博物館館長 主講人： 陳耀昌醫師 臺大醫院血液科醫師、醫學院檢驗醫學科教授，《福爾摩沙三族記》作者 與談人： Uma 萬淑娟 臺南縣平埔族西拉雅文化協會理事長 王浩一 文史工作者、作家 石文誠 臺灣歷史博物館助理研究員
活動內容
演 講：當現代醫學家遇上17世紀的靈魂—我為什麼寫《福爾摩沙三族記》
議題方向
我的祖先是荷蘭人？
福爾摩沙是這樣開始的！
啊！Formosa—梅花鹿的民族西拉雅美麗與哀愁
鄭成功，英雄的傳奇、矛盾的性格、死亡的迷霧？
西拉雅、荷蘭人與漢人，三族共同寫下的時代故事
臺灣開拓時代，文明的衝撞與護衛、文化的消失與融合、族群的弱化與興盛
《福爾摩沙三族記》的書寫策略及其所帶來的積極意義
用新眼睛探訪17世紀的遺跡與文物
活動參加辦法
不需報名，但配合臺史博免費取參觀券入館方式，可提前1∼2小時來館取參觀券入館，或於活動開始前15分鐘（下午2點15分）至臺史博展示教育大樓2號側門登記領取臨時學員證，由館方集體帶隊至活動場地。
合辦單位：
十六歲的瑪利婭一直不明白，為什麼爸爸決定要離鄉背井，前往「福爾摩沙」那個與荷蘭完全不同的蠻荒世界。
瑪利婭一家人住在台夫特1的新禮拜堂旁，有一棟雖然不大但很舒適的房子，三層樓，五個房間，而且靠著運河。他們家有一艘大船、一艘小船，瑪利婭最喜歡和姊妹們划著小船，在台夫特的運河中穿梭。她們的爸爸是牧師亨布魯克2，生於鹿特丹，從萊登神學院畢業後派駐到台夫特牧會，在台夫特和安娜成婚，小孩也都是在台夫特出生。他們一家人在台夫特備受尊重，一直過著其樂融融的日子。
爸爸決定去福爾摩沙，是因為聽了他在萊登大學神學院的前輩學長尤羅伯牧師3對福爾摩沙的描述。
尤羅伯在福爾摩沙前後服務了十四年，一六四三年才離開福爾摩沙回到荷蘭。 尤羅伯回到故鄉台夫特以後，對福爾摩沙人一直念念不忘，於是在這一年春天一個下雨天的下午，來到了亨布魯克的家。
瑪利婭永遠忘不了，她在客廳門後偶然聽到的爸爸和尤羅伯的對話。
「既然他們有獵人頭的惡習，為什麼你那麼喜歡他們？」爸爸問道。瑪利婭正要端出小餅乾招待客人，偶然間聽到「獵人頭」的字眼，不由得屏氣聆聽。
「說起來很矛盾，他們確實有獵頭的習慣，但他們並不是食人族，也不凶暴。」
尤羅伯解釋著福爾摩沙人的生活習俗。「這麼說你一定會覺得很奇怪，其實福爾摩沙人算是善良的民族，他們獵頭只是個不幸的習俗，用來證明狩獵者的勇士氣魄。他們並不愁吃，因為福爾摩沙的整個大草原到處是梅花鹿。福爾摩沙人很聰明，有計畫地捕殺野鹿，絕不過量，人與鹿群維持著很好的平衡。福爾摩沙人太好命了，只有梅花鹿以及各種美麗的鳥類，卻沒有老虎、獅子等凶惡的動物，會傷人的頂多只有一些野豬。聽說高山的地方有一些黑熊，還有體型比較小一點的豹。
400年前，我們在此相遇－從陳耀昌《福爾摩沙三族記》談起 
